Mit Bezug auf die vielfältige künstlerische Tätigkeit Paul Klees beschränkt sich das Zentrum nicht nur auf die Präsentation von Klees bildnerischem Werk, sondern soll auch eine Plattform für spartenübergreifende künstlerische Ausdrucksformen sein. Für dieses Paul Klee gewidmete Zentrum hat der renommierte und mehrfach preisgekrönte italienische Architekt Renzo Piano kein traditionelles Museum gebaut. Die Idee, nicht ein Museum für Paul Klee zu schaffen, sondern ein Kulturzentrum, das dem interdisziplinären Schaffen des Künstlers gerecht wird, stammt von Prof. Dr. med. Maurice E. Müller, sel. Ermöglicht wurde das rund 125 Millionen Franken teure, aussergewöhnliche Kulturzentrum durch das Zusammengehen der öffentlichen Hand und Privater.